李卫接受任务之后，没有打草惊蛇，他通过自己听书听来的兵法并加以运用，先是派人四处打听，弄清楚贼首是谁，藏身何处，然后再擒贼先擒王，将贼首一一抓获。等到其组织瓦解了，再将贼众一一抓获，而且那些包庇他们，或者与其狼狈为奸的官员也随之浮出水面，最后也受到严厉惩处。经过一年的努力，江南的贼患大为减少，而且前明遗老的气焰也受到了极大打击。
我们都知道，康雍乾时期反清复明活动是很猖獗的，朝廷对此十分敏感和害怕，所以李卫一举肃清江南前明势力，雍正帝对他是一百个满意，因此任命他为兵部尚书和太子少傅。雍正十年，李卫先后担任刑部尚书和直隶总督。雍正十一年，李卫将雍正三大心腹之一鄂尔泰（另两个就是李卫和田文镜）的弟弟步军统领鄂尔奇给弹劾了，鄂尔奇因此差点丢了性命。
这件事让李卫和鄂尔泰产生了嫌隙，一个汉人压制着满人，这件事显然不是好事，但因为雍正帝信任李卫，所以当时并没有造成什么严重后果。乾隆帝继位之后，继续信任李卫，让他担任直隶总督。但雍正帝去世的时候让鄂尔泰和张廷玉担任辅政大臣，乾隆帝继位之后又任命鄂尔泰为总理事务大臣，领侍卫内大臣和军机大臣，可见清朝皇帝再怎么重用汉人，但最信任的也只有满人。
李卫才能卓著，刚继位的乾隆帝也需要能臣干吏，所以李卫奏请的事情，乾隆帝没有一件不答应，但这并不代表乾隆帝会像雍正帝那样信任李卫。事实上，乾隆帝对李卫屡屡压制满人是有所不满的，但一直找不到借口发作。乾隆二年，李卫上奏折说，诚亲王府（乾隆帝的三叔胤祉为初代诚亲王）的护卫在安州抢夺民众的田地，要求治罪，乾隆帝准奏，并对他进行嘉奖，还赐给他四团龙补服。
这件事表面上来看是乾隆帝嘉奖了李卫，但实际上乾隆帝那时候在大搞平反，从多尔衮一直平反到胤禩和胤禟等几个乾隆帝的叔叔。诚亲王胤祉是被雍正帝圈禁而死的，他也在乾隆帝的“照顾”之列，胤祉刚死就没多，李卫站出来对诚亲王府指手画脚，你觉得乾隆帝会怎么想？事实上，乾隆帝一上台就推翻了雍正帝定下的很多政策，李卫作为雍正帝的宠臣，对此也可能有些想法，所以才站出来表达一下态度。
不过李卫所做的事情不是为一己私欲，都是在为国家着想，而且也只是稍微碰了一下乾隆帝的“老虎须”，乾隆帝是不会也没有理由把他怎么样的。李卫将这件事看得很清楚，所以他敢于出手，但他想不到的是，得罪乾隆帝为他死后发生的一件事埋下了伏笔，那件事让乾隆帝妒意大发，做了一件对李卫不太尊重的事情。乾隆三年，李卫因病去世，乾隆帝下令以总督礼仪将其下葬，赐谥号敏达。
