马头明王法可用于降伏罗刹，鬼神，诸天八部，亦可消除业障，邪术咒诅，水患等一切灾难，但关于如何行持，如何破除一切魔障，如何去观修本尊，才是马头明王真正的厉害所在。密宗经书记载：听闻到马头明王的名号、接受马头明王的灌顶、念诵马头明王的咒语可以祛除一切障碍。以马头明王为本尊的人，七百世不会堕入地狱之中。自观为马头明王，即身可以解脱。
莲华生大士的口诀里也说过：受过马头明王灌顶和口传的人，他在中阴时会开悟，马头明王将带领那个人解脱。马头明王的咒语，无论是谁听到过一次，他命终不会堕入地狱。而且以此因缘之故，下一世会投生善处，并且能够接触佛法和修行。在西藏，老百姓生病或有障碍时，不论是否曾受过灌顶或口传，都会持马头明王的心咒。如果未得密相马头明王法门灌顶，亦可以持此菩萨之咒而一心祈求，也可以观想马头明王在面前，但在未得灌顶以前，不可以把自身观为本尊。
所以，马头明王的观修还是需要有专门的传授，必须接受金刚上师的灌顶才可以。修持马头明王的仪轨也比较复杂，要求我们的心口意必须清净庄严。具体的仪轨这里不做赘述，因为密法需由真正的大德高僧才能讲授。我本人与马头明王有着很深的渊源，在这里和各位说说我与这位大菩萨结缘的故事。我的上师是一位格鲁派的活佛，有一次梦中见到了观音菩萨，他按照菩萨的示意，去寺院闭关修持马头明王。
寺院后面的山上有一个山洞，前几世活佛都曾在这里闭关修持过马头明王，洞壁之上因几位活佛长期面壁修行，已经清晰显现了马头明王的形象。僧人闭关是一件非常辛苦的事情，绝不是我们想象中找个清净之所，盘腿一坐、闭目养神那么简单，而是要求修行之人身口意全身心、恭恭敬敬的投入才行。闭关时间因每次修行目的和个人修为水平而长短不一，上师那次闭关是在深冬时节，时间是三个星期。
期间每天凌晨三点起床后就开始诵经、观想和持马头明王心咒。至中午十二点休息一会儿，吃每天唯一的一顿饭。下午继续念经、观想、持咒，晚上七点再稍微休息一会儿，直到夜里十二点睡觉。第二天凌晨三点再起床，重复前一天的功课。上师的这次闭关，在不到一个月的时间内，总共完成了五十万遍马头明王心咒的修持。上师于闭关后第二年的春天来到了北京，我去机场接的他和随行的喇嘛。
回到住所，我和上师聊了很多修行中的感悟，最后我问他说：每一个密宗修行弟子都有一位本尊，您能告诉我应该修哪位本尊吗？上师沉思了一会儿，对我说到：马头明王就是你的本尊，你可以修持马头明王。那是我第一次听到这位菩萨的大名。随后的几天，上师给我行了马头明王的灌顶仪式，赐给我一尊马头明王的佛像，并且把他闭关时念了五十万遍的佛珠也送给了我。
