即位典礼后的第五天，为了给死去了的父亲一个比较高的封号，嘉靖下诏让九臣讨论这个问题。不料与朝臣的意见发生了分歧。嘉靖的父亲是兴献王朱右杭，此时嘉靖想尊奉生父为“皇孝”。但按祖制，这是不合礼法的。因为这样一来，先帝就成了“皇叔”。杨廷和等认为，朱厚熜既然是以宗藩入继，就应称孝宗为“皇孝”，而称兴献王为皇叔父，这才是合理合法的。
嘉靖对这种“移易”父母的做法非常不满、要求重议。其实这种礼仪之争根本毫无意义。然而新皇帝是个涉世未深又非常执拗之人。偏偏嘉靖的母亲蒋氏也是个不懂大礼之人，无奈只得让杨廷和等妥议。结果，尊嘉靖生父为兴献帝。从此，嘉靖与杨廷和之间产生了矛盾，于是杨廷和辞职、告老还乡。杨廷和去职后，“大礼仪”之争达到了白热化。
一派以新任礼部尚书汪浚、大学士蒋冕等坚持属守礼法；另一派以张熄等，奉旨不顾礼仪，拼命维护皇帝。这时嘉靖决意抛开内阁一意孤行，强令礼部追尊兴献帝为“本生皇孝恭穆献皇帝”，并令礼部在奉先殿侧另建一室，安放皇孝神主。两派斗争水火不容，七月十五日早朝后，吏部与九卿以下二百三十七人一齐跪在左顺门下，高呼孝宗皇帝。
面对如此众多的反对者，刚愎自用的嘉靖下令锦衣卫抓人。将为首的发配边地，四品以上者夺俸，五品以下杖之，结果十六人死于杖下。与此同时，朱佑杭的神主被迎奉入京，尊号曰“皇孝恭穆皇帝”。嘉靖终于在“大礼仪”事件中获胜。自此他以“大礼仪”中的立场划线，开始了顺我者昌，逆我者亡的恶政，以至朝廷风气日下，邪气上升。
(3)、严嵩误国国家将亡必有妖孽，严嵩亦是。嘉靖十八年（1539年），大学士严嵩已是59岁的老人。他作《庆云賦》、《大礼告成颂》两篇文章，朝贺嘉靖的父亲得以入主太庙。嘉靖很是高兴，于是严嵩进入了嘉靖的视野。严嵩工作“勤面”，据史载：他“朝夕直西苑板房，未尝一归洗沐”，嘉靖被严嵩的表现所感动，派人赐给他一方银记，上面刻着“忠勤敏达”，并且给了他太子太傅的官职。
很快被提拔为内阁首辅，严嵩开始了兴风作浪的后半生。严嵩和儿子严世蕃“结党营私，贪赃枉法，作威作福，干尽了坏事。许多没有血性的朝廷官员都投靠严嵩，为自己找个靠山。朝廷里的官员有30多个是严嵩的干儿子，这些干儿子各把持一个重要部门，朝廷里的大权就操纵在严嵩的手里。”（赵文博《中华上下五千年》）这时北方蒙古族的鞑靼部落逐渐强大起来，统一了蒙古各部，对明朝构成极大的威胁，严嵩却不练兵、不备战，反而大量地贪污军饷，边防士兵受冻挨饿，鞑靼首领俺答经常侵扰边境，几次打到内地，明军不战而退。
