然而噶尔丹的哥哥僧格在康熙九年（1670年）遭到暗杀，使得噶尔丹也迎来了自己人生的转折点。僧格死后，整个蒙古准噶尔部也随即陷入到了巨大的混乱之中，曾经的部众纷纷反叛，准备投靠其他蒙古部落。而这个时候的噶尔丹率领身边仅有的二十名护卫，直接追上了反叛部队，并带头冲锋，杀向敌阵。结果当这些反叛的军队见到是四世温萨活佛冲来时，没有举刀反抗，相反，全部都跪倒在地上向噶尔丹投降。
在这之后，噶尔丹便利用这样的方式，将已然是一盘散沙的准噶尔部落重新统一了起来，并就此成为部落首领，而这一切都要归功于噶尔丹藏传佛教活佛的身份。康熙十一年（1672年），噶尔丹放弃了活佛的神职，正式还俗，同时也开始了对外的征战与扩张。康熙十五年（1676年），噶尔丹在达赖喇嘛的支持下，打败了和硕特部首领鄂齐尔图汗，确立了准噶尔在漠西蒙古四部的领导地位，就此建立准噶尔汗国。
之后，在康熙十七年（1678年），噶尔丹挥师南疆，横扫由维吾尔人建立的叶尔羌汗国，统一了整个新疆地区。在此之后，噶尔丹又不断利用自己在藏传佛教中的影响力，频繁插手漠北喀尔喀蒙古诸部之间的事务，并且在他的挑唆下，札萨克图汗与土谢图汗开始兵戎相向。而噶尔丹则趁机在康熙二十七年（1688年）的时候，突然率兵越过杭爱山，直接攻打土谢图汗，进而降服了整个漠北蒙古，不愿臣服于噶尔丹的漠北蒙古部众也都南逃到了长城以南的地区。
至此，噶尔丹和他的准噶尔汗国达到了势力的最高峰。面对噶尔丹，康熙必须选择要御驾亲征。噶尔丹所在准噶尔部属于漠西蒙古，也称卫拉特蒙古，而“卫拉特”，实际上就是“瓦剌”的谐音，当年正是瓦剌首领也先制造了“土木堡之变”，俘虏了明英宗，并率兵围攻北京城，险些将让明朝就此灭亡。而作为也先的后人，噶尔丹一直以来也有着重现先祖荣光，重新统一蒙古诸部，并不断南下扩张的愿望。
为此，还他曾“大言不惭”的向康熙皇帝写信说“圣上君南，我掌北方”，计划与康熙以长城为界，分庭而治。而在此之前，康熙皇帝先后经历了“平三藩”、“收台湾”以及两次“雅克萨自卫反击战”，确实无暇顾及噶尔丹。等到康熙真正意识到噶尔丹和他的准噶尔汗国的危险的时候，已经处在了生死存亡的边缘，在这样的危急局面下，他也只能选择御驾亲征，直面噶尔丹。
首先，就是噶尔丹那令人忌惮的“活佛”身份。虽然噶尔丹已经不再担任神职，但其影响力依旧存在，并且满洲人和蒙古人都是信奉藏传格鲁派，在面对噶尔丹时，必然有所顾忌，甚至会选择“放下屠刀、立地成佛”。所以，康熙御驾亲征，很大程度上是要用自己“天子”的身份，来消弭噶尔丹作为“活佛”的影响力，从而形成震慑效果，以激励士气，确保战争的胜利。
