公元1253年，八思巴为忽必烈传授了萨迦派的喜金刚灌顶，正式成为忽必烈宗教上的老师。这是蒙古王公，第一次接受藏传佛教“灌顶”的仪轨。随后，忽必烈封八思巴为“国师”，赐玉印，奉献黄金及珍珠镶嵌的袈裟、僧衣、金座、伞盖等作为灌顶的供养。四、忽必烈的选择权作为合作关系的强势一方，忽必烈显然拥有更充沛的选择权。
他是不是一定要和萨迦派合作呢？答案是——不一定！在南征云南期间，忽必烈发现噶举派在康巴的势力远超萨迦派，便召噶玛拔希（噶玛噶举派）在川西北的绒区色都地方相见。二人见面后，相谈甚欢，忽必烈希望噶玛拔希留在他身边长期相伴。但噶玛拔希似乎对忽必烈不是很感兴趣。很快便辞别了他，去宁夏、甘肃、内蒙等地传法。在此期间，噶玛拔希接到了蒙哥汗的诏书。
他欣然从命，随使臣到达和林（蒙古汗国首都），受到蒙哥和阿里不哥的宠信。蒙哥汗封其为“国师”，赐金印、白银，还赐给他一顶金边黑色僧帽，这就是噶玛噶举派中黑帽系传承的来源。（严格意义上说，蒙哥汗封的“国师”，才是正经八百的国师。忽必烈身为一个宗王，封八思巴为“国师”，多少有僭越之嫌。）应该说，噶玛拔希的选择并没错，毕竟身为蒙古大汗的蒙哥，才是当时最粗的大腿，没有之一。
只可惜，噶玛拔希没法预测所有人之后的命运，也包括他自己的。得到了蒙哥汗的青睐，噶玛噶举派获得的权力和利益已超过萨迦派，隐隐有独领全藏之势。但人要是倒霉，喝口凉水都会塞牙。1259年（南宋理宗，开庆元年），蒙哥汗亲征合州(今重庆合川区)，意外死于钓鱼城下。随后的事情，就是常演不息的争权大戏了。两个蒙古宗王分别举行了，推选大汗的“忽里台”大会。
1260年4月，阿里不哥在哈拉和林被蒙古本土贵族，推举为蒙古国大汗。而5月5日，忽必烈在部将的拥立下，于中原开平成为蒙古大汗。两个大汗并立，结果必然是拔刀相向，在长达四年汗位之争中，蒙古人自己杀的血流成河。最终，忽必烈胜出，将战败的兄弟囚禁致死。倒霉的噶玛拔希在蒙古帝国权利的变幻中，先是选择了蒙哥汗，而后又跟阿里不哥站在一起。
这导致，忽必烈坐稳大位后，“忽然”想起了他。先是将其长期囚禁，并一度考虑杀了他，最后虽考虑到噶玛噶举派的影响力将其释放，但此后噶玛噶举派备受打压，直到元末才算恢复了元气。噶玛拔希被释放后，辗转8年才回到西藏。为了巩固其教派的势力，免于被其他教派吞并、瓦解。噶玛噶举派第一次采用了活佛转世制度，这实际上是活佛转世制度，出现的根本原因。
