五、八思巴的选择噶玛拔希和忽必烈的取舍向背，不是八思巴能左右的。但当忽必烈行走在刀锋边缘时，八思巴却坚定的站在了忽必烈身边。随着蒙古汗国疆域的不断拓展，蒙古人内部逐渐撕裂为两派。其实，从此时期开始，蒙古人就已出现了“左右两翼”的倾向。一部分以忽必烈为代表的蒙古人，在长期接触中原汉族士大夫的过程中，逐渐倾向于中原的固有的文化和管理方式。
而另一部分以蒙哥汗和阿里不哥为代表的蒙古人，则坚持固有的草原传统，行事非常保守，对忽必烈的“汉化”倾向极为反感。1257年，在蒙古保守势力的怂恿下，蒙哥汗突然决定对忽必烈下手。他借着南下攻宋的机会，以“以忽必烈有足疾为由，解除其军权”，并将他手下的大臣拘押严刑拷问，意图“先除羽翼，后治魁首。”一时间，风声鹤唳，亲近忽必烈的势力纷纷侧目。
就在这种危局之下，八思巴坚定的选择站在忽必烈身后，一边用佛学的解释来宽慰他的心灵，一边又亲自赶赴五台山，为他单独举行祈福法会。最终，在八思巴和大臣的劝说下，忽必烈决定向蒙哥汗展现“诚意”。他只带着二十个卫士，亲自奔赴大汗营帐。见到蒙哥后，忽必烈言辞恳切的伏地“请罪”，并表示已将“家人送至和林为人质”。
蒙哥汗总算顾念兄弟之情，大度的“宽恕”的忽必烈，但此事在他心中造成了巨大的阴影。直接诱发了，蒙哥汗死后，两次推举大汗的“忽里台”大会。忽必烈无论如何，也不敢将身家性命，放在行事更为保守的阿里不哥手中。公元1264年（南理宗，景定五年），历时四年的血腥汗位之争落幕，忽必烈凭借另一个兄弟旭烈兀的支持，成了名义上的蒙古大汗，并将都城从和林格尔迁至北京。
在危机中，一直坚定支持他的八思巴，终于获取了忽必烈一生不变的友谊。而且，忽必烈也确实兑现了，“吐蕃之事悉听上师之教，不请于上师绝不下诏”的承诺。当忽必烈尊八思巴为“国师”（这回可是正经八百的国师了），授宣政院首位总制，“赐玉印，任中原法主，统天下教门。 ”忽必烈设置的宣政院，本就是为了管理全国的宗教事务，监管藏区事务。
当八思巴以国师身份统领宣政院，实际上已获得了西藏地区政教大权。同时，这也意味着，藏传佛教跟随着忽必烈来到了中原腹地，并在元朝的版图上开枝散叶。为了能够让八思巴更好的管理西藏事务，忽必烈改变了蒙哥汗“分封”政策，转而全力扶持萨迦派。他将蒙古各王公在西藏委派的守土官（达鲁花赤）全部召回。只保留了支持者旭烈兀名下封地的守土官。
